日本提出“科学技术创造立国”始于第一期科学技术基本计划。自该计划开始执行之后，政府逐渐增加对研究开发的投资，形成了研究竞争环境，加强了产官学合作，在科学技术体制方面进行了大胆改革。但进入21世纪之后，日本面临着人口减少、国际竞争激化以及国民对科学技术失去兴趣等各种变化。目前，日本正在执行为期五年的第二期科学技术基本计划。从2006年度起，将开始执行对科技创新更加重视的第三期科学技术基本计划。
完善研究开发阶段的开发资金制度
在研发的初级阶段，应该明确研发的发展阶段特征、要达到的目的以及效果。这就要求明确各种研发资金制度，并在此基础上，明确制度的宗旨、评价方法和推进政策等系列问题。目前日本在竞争研发资金方面有各种制度，由同领域的专家从科学和技术视角进行评价，进行专家评审。但在更具体的应用开发领域还没有更合适的评价方法以及推进政策。在支持有失败可能性的高创新性成果的研究时，不仅要对其研究计划进行书面审查，还要审查研究人员个人想法的独创性和可能性。因此资金分配机关要制定合适的审查标准审核。
由于竞争资金的扩充，日本的创新基础充实，因此今后要求创新性的科技成果和创新性的技术概念要对经济社会做出有形的贡献。要保证从研究成果产生重大发明，创造出崭新的革新技术，增强竞争力，在基础研究与实用化技术相接近的研究开发，不应仅仅局限于论文的数量，应强调要有实实在在的技术创新能力。应上述要求，日本拟制定一种“技术革新型公募资金制度”。在此制度中包括，已有的技术成果与具体应用和用途联系，以技术革新为目标验证技术的可行性。不仅仅在基础研究阶段培养具有高应用性潜能的技术，还应从基础阶段明确该技术的革新性，在研究进展的同时使其与具体应用结合，确立技术的创新性。
目前，在竞争资金支持的科技成果中，有很多具有加速创新的成果。但这些成果都依靠研究开发立案时的单独技术调查以及在学术会议上发表，由于没有能够使这些研究成果与应用紧密相连的制度支持，致使优秀的研究成果多被束之高阁。
形成创新和研究的良好循环
在转向知识经济社会时，增强创新能力和保持竞争力主要以大学和公共研究机构完成，在大学、公共研究机构的创新活动中产生的新的知识应用于社会，产生经济价值和社会、公共价值。在社会活动活跃的同时，要求投资创造出更多的创新知识，以形成良好的循环。
日本的做法是：促进产官学持续发展的合作，促进研究成果向社会还原，同时促进公共研究机构灵活运用新技术。
构筑具有创造性的高效研发体系
目前，日本存在着各种各样的竞争资金制度，这些制度包括研究经费规模、研究期限、研究体制、评价办法以及推进方法。由于竞争资金的扩充，研究者获得外部资金的机会增加，但竞争资金的采用率仍然不高，不能保证研究者的需要。因此，日本政府认为，应该充实竞争资金制度，加强竞争资金的运营管理，确立公正、透明性强的评价体系。以及其它制度的改革，如扩充间接经费、起用年轻研究人员、改善制度的运用、引进电子系统、改进研究经费的过度集中和不合理重复以及不正当使用等等。
先说评价体制的改革：评价科研成果是研究开发的基础，日本在第二期科学技术基本计划中对研究开发评价体制进行了改革。如实施了对研究者的奖励、积极扶植支持好的研究项目等评价标准；为使评价具有实效性，完善了确保资源和评价支援体系；克服了评价时发生的具体课题。
再谈公共研究机构与民间企业的作用：公共研究机构以完成政策目的为使命，在日本科学技术上以基础、先导性研究及符合政策的具体目的进行体系的、综合的研究。
还有，应该注重民间企业在经济社会的所有层面上创造价值和提高生产性的作用。大学和公共研究机构虽然在创新方面具有重要地位，但开发出的成果要想实现实用化，以新的产品和新的服务形式创造市场价值，最终实现创新还要依靠民间企业。因此，民间企业对于促进创新、推进创新起着巨大作用。
目前民间企业的研究开发有很多成果没有形成产业化，因此要求民间企业的开发战略与市场需求保持一致，实现真正的创新，提高研究开发的效率。日本的服务产业在国民经济中比率逐步增加。要提高国家整体的生产性，必须提高第三产业的生产性。服务产业与制造业不同，用以科技成果为基础的知识产权来维持竞争优势比较困难，因此应综合利用自然科学和社会科学各领域的知识提高竞争能力。
一些日本专家指出，目前日本在科技创新方面仍存在很多问题。如：1.风险资金供给不足。日本政府在研究开发、软件开发、高等教育上政府投资占GDP比例仍偏少。2.缺乏支持科技成果产业化制度的持续性。在日本公共机关有科学技术振兴机构、新能源产业技术综合开发机构等公共机构支持科学研究活动，但在民间对促进科技创新的姿态仍显消极，官、民之间反差较大。3.对企业、研究机构没有成为应用技术的研究成果的资金供给问题。过去5年之中，有80%的企业研究开发成功但研究成果没有形成产业化，其中有70%%的研究开发在企业当中沉睡。（科技日报 记者 陈超）
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