PCT用户应当注意到自2004年1月1日起影响提交国际申请过程中的一些变化，对于其中的一些重要变化列举如下：
1.修改后的请求书、要求书表格（2004年1月1日启用）
2004年1月1日起，提交PCT申请和初步审查要求书应当使用修改后的2004年1月的请求书和要求书表格。而在2004年1月1日以前不能使用修改后的表格。
2.不再分别指定各成员国。
依据新的PCT细则4.9（a），申请人不再能够分别指定某一成员国。申请人提交的请求书由以下三部分组成：
a. 指定在其国际申请日PCT条约所有成员国；
b. 该国际申请是为得到各指定国的每一种保护类型的声明；
c. 该国际申请在指定某一国的适当情况下，是为获得地区专利和国家专利的声明。
依据PCT细则90之二.2申请人仍然可以通过提交一份撤回通知来撤回对某个国家的指定。申请人所要求获得的保护类型应当在进入选定局/指定局的国家阶段时进行选择。
因此，既然是自动指定所有PCT成员国，预防性指定的概念不复存在。删除现行的PCT细则4.9（b）和（c）自2004年1月1日起生效。
3.关于主申请或主专利，继续或部分继续申请的声明
在进入国家阶段时，申请人可以
①依据细则49之二.1（a）或（b），作出希望其国际申请在任一指定国作为增补专利，增补证书，增补发明人证书或增补实用证书的声明；或
②依据细则49之二.1（d）作出希望其国际申请在任一指定国作为在先申请的继续申请或部分继续申请的声明，请求书的声明中应当表明与其相关的主申请或其他主专利。（见新细则4.11（a）（iii）和（iv））
4.签字的要求
依据细则4.15每一个申请人都应在请求书上签字。如果有两个或两个以上申请人，为了提交国际申请的目的，当请求书只有其中一个人签字（见新细则26.2之二（a））将认为满足了要求。受理局不再要求申请人提供其他申请人的签字。
同样，依据细则53.8，每一个申请人都应在要求书上签字。如果有两个或两个以上申请人，为了提交要求书的目的，要求书中只由一个申请人签字（见新细则60.1（a-之三））将认为满足了要求，国际初步审查单位不再要求申请人提供其他申请人的签字。
注意，在国际阶段的任何时候都可以提交要求撤回的通知，该通知必须由所有申请人签字（见细则90之二.5（a）），或者由每一位申请人按其自己选择签署请求书、国际初步审查要求书或单独的委托书的方式委托的代理人或共同代表人签字。（细则90.4（a））
允许任何指定局在国家阶段要求申请人提供国际阶段缺少的申请人的签字（见细则51之二.1（a）（vi））。
5.写明申请人的地址、国籍和居所的要求
依据细则4.5（a），请求书应写明每一个申请人的地址、国籍和居所。如果有两个或两个以上申请人且并未提供所有申请人的地址、国籍和居所，为了提交国际申请的目的，只要指明一个依据细则19.1有权向受理局提出国际申请的申请人的地址、国籍和居所，将认为满足了要求。受理局不再要求提供其他申请人的信息。
同样，提交要求书时如果没有提供所有申请人的信息，为了提交要求书的目的，只要至少指明一个依据细则54.2有权提出国际初步审查要求的申请人（见新细则60.1（a-之二））的地址、国籍和居所，将认为满足了要求。国际初步审查单位不再要求提供其他申请人的信息。
注意，允许任何指定局在国家阶段时要求申请人提供缺失的申请人地址、国籍和居所的信息（见细则51之二.1（a）（vi））。
6.PCT局，PCT单位及/或国际局不要求提供委托书的可能性
依据新细则90.4（d），任何受理局、国际检索单位、国际初步审查单位和国际局可以放弃依据细则90.4（b）以单独的委托书指明代理人或提供共同代表的要求。但是，如果代理人或共同代表提交了撤回通知，仍要求提交单独委托书。
同样，依据细则90.5（c），任何受理局，国际检索单位、国际初步审查单位可以放弃依据细则90.5（a）（ii）要求提交附于请求书、国际初步审查要求书或单独的通知后的总委托书的副本。但是，如果代理人或共同代表提交了撤回通知，仍要求提交总委托书副本。
7.关于费用的变化
①新的国际申请费
对于在2004年1月1日及以后提交的国际申请，基本费和指定费由“国际申请费”代替，金额为1400瑞士法郎。缴费期限为国际申请收到日起1个月之内，应缴金额为受理局收到该国际申请之日所适用的金额。如果国际申请用纸超过30页，每页应缴金额不变。
②新的手续费金额及缴纳手续费期限的修改
新的手续费金额为200瑞士法郎，应在要求书提交之日起1个月内或自优先权日起22个月内缴纳，以后届满的期限为准。应缴金额为该缴费日所适用的金额。
③费用减缴的情况
根据以下不同的情况，国际申请费可以相应的减缴100，200或300瑞士法郎：
·请求书使用PCT-SAFE 的PCT-EASY形式制作
·国际申请是以电子形式提交的，但说明书、权利要求和摘要未采用特征格式代码
·国际申请是以电子形式提交的，并且说明书、权利要求和摘要采用特征格式代码
目前，如果国际申请的申请人是自然人并且其国籍和居所在人均国民收入低于3000美元的国家，国际费用可以减少75%。在2004年1月1日以后，新的国际申请费和手续费也将适用这一情况，而且，不论申请人是否是自然人，只要其国籍和居所是由联合国确定的最不发达国家，也可享受费用75%的减少。如果有多个申请人，则必须每一个申请人或者其国籍和居所在最不发达国家或者是满足以上条件（国籍和居所在人均国民收入低于3000美元的国家）的自然人。
8.加强的国际检索和初步审查系统
新的检索和审查系统适用于2004年1月1日及以后提交的国际申请，即国际检索单位在对国际申请作出国际检索报告时，还需制定一份书面意见。在未作出初步审查报告的情况下，这份书面意见将由国际局转换为“专利性的国际初步审查报告（IPEA）（专利合作条约第一章）”。如果就一份国际申请提交了国际初步审查要求，一般而言，由检索单位制定的书面意见将被国际初步审查单位用作其首次书面意见，除非国际初步审查单位通知国际局不接受这种做法。相应的国际初步审查报告也将以“专利性的国际初步审查报告（专利合作条约第二章）”为标题。关于新系统使用的进一步信息将在近期的PCT Newsletter 中介绍。
9.提交要求书的新期限
提出初步审查要求，在以下期限之前，以后届满的期限为准，
·自国际检索单位将国际检索报告（或依据条约17（2）（a）宣布不作出国际检索报告）和书面意见传送给申请人之日起3个月内；或
·自优先权日起22个月内
10.不再可能排除选定国
自2004年1月1日，依据修改的PCT细则53.7，提交的要求书将包括指定的及受条约第二章约束的所有PCT成员国，所有的成员国都被选定。但这并不妨碍申请人依据细则90之二.4通过提交撤回通知撤回个别的选定。
由于对所有国家自动选定，就不再有后选定的概念了。目前的细则56在2004年1月1日后也将被删除。